ERP系统中的仓储管理模块主要和财务系统联合使用，目的在于核算企业物料成本及库存、辅助采购决策和每个财务周期的事后成本计算。而WMS仓储管理系统虽然与ERP中的仓储管理模块针对的业务对象相同，但功能上存在以下几个方面的差别：
1、管理的角度不同
仓储管理在ERP中强调的是结果管理，在WMS中强调的是过程管理；
仓储管理在ERP中面向财务核算而设计的，在WMS中则是面向仓储的过程控制而设计的。
2、管理的粒度不同
举个例子：在ERP的仓储管理虽然也存在库区库位的概念，但一般因为其没有过程校验能力，对现场出现的错放乱放等情况没有直接的预防和纠错作用。而WMS可以利用物料标识技术（如条码、二维码、RFID、托盘编码、视觉识别等）对每个库区库位进出的物料进行实时标识和跟踪，甚至可以进行自动盘点，因此可以保障每笔出入库业务和存量信息的准确性，因而能实现精细的库存管理。
再举个例子：ERP系统仓储管理一般关注总量，而不能对物料的批次、流水号进行管理，也就是没办法进行唯一化区别确认。而WMS仓库管理系统则可包容批次管理及唯一性管理，针对部分贵重物品或关键物料进行唯一性编码，增加物料管理的准确性。
3、硬件集成能力不同
限于多数ERP厂商的技术能力，多数ERP的仓储管理缺乏对物料追送、AGV/RGV、输送设备、叉车终端、质检设备、自动化码垛等先进仓储设备的硬件集成与对接。这一点即造成了ERP仓储管理模块缺乏实时数据来源，而导致其一般难以主动配合生产调度来实现物料的自动化、智能化配送。方管WMS系统，天生就强调生产过程的物料管理，因此一个高效的WMS必然是具有和各种厂内物流设备的数据堆积能力的——这也是WMS的供应商一般是具有一定的自动化或物联网技术基因的原因。
4、适用的范围不同
由上可见，如果不配套底层的WMS系统，单纯适用ERP的仓储管理更适用于品种批次不多，出入库频率不高、对保质期和追溯性要求不高的企业；而WMS仓库管理系统则适用于品种批次较多，出入库频度很高、对保质期和追溯性有很高要求的企业。举个例子：对于石材精加工企业，因为天然大理石的花纹具有唯一性，而在精加工的排版过程中必须基于每一块大板的特有的花纹进行，因此，对其科学的仓储管理，也就必须对每一块大板“建档立卡”，甚至其花纹的数字化照片都需要保存在WMS以便在设计过程中供排版系统（CAM）调用。
综上所述，ERP的仓储管理模块更适合面向业务管理人员规划和调度企业整体资源，而生产管理人员，则更需要WMS对生产过程中的物料配送、跟踪。当然二者之间是“上下级”式的协作关系：没有WMS的实时准确的信息汇总，ERP中的各模块难以准确规划业务；没有WMS的厂内物资调动能力，MES系统也会因为物料配给为题而难以高效执行ERP下达的生产计划。
实际上，WMS还具有一些独特的功能，比如虚拟仓库。有过工厂管理经验的人都知道，库存成本往往意味着企业被沉淀的无法快速周转的流动资金，而这里的库存不仅仅是仓库里的原材料和未出售的商品，还包括生产线上没有加工完的在制品。而在制品的统计和成因分析，因为柔性制造中产线生产节拍变化、线边仓等存在，是一个普遍的难题。维保人员的备品备件领用管理也是较难准确追踪的。而这些难题只要在WMS中将线边仓、维保人员个人等设置为虚拟仓库，配合必要的报工流程，也就和正式的仓库一样可以由系统方便地自动统计了。
总之，WMS仓储管理系统通过扫描出入库及盘点增加了工作效率及准确率；通过和厂内物流设备、检测设备的集成减少了仓储人员的工作量；整体的效果就是增加了物料质量追溯的完整性，不仅为企业资源规划提供了准确及时的数据基础，也方便对相关工作人员和外部供应商进行精细化考核。
